1999-жылы 13-октябрда ошол кездеги президент Аскар Акаевдин жарлыгына ылайык, Баткен облусу негизделген.
Ага Ош облусунун Баткен, Кадамжай, Лейлек райондору жана Кызыл-Кыя шаары киргизилип, жаңы облустун борбору болуп Баткен айылы белгиленген.
Республиканын түштүгүндөгү мамлекеттик чек араны коргоо үчүн аскердик заставалар негизделип, аларга чек арачы аскерлер коюлган. Натыйжада 2000-жылы күзүндө Кыргызстандын чектерине кайрадан кирип келишкен бандиттик топтор кыргыз жоокерлери тарабынан сокку жеп, чегинүүгө аргасыз болушкан.